2013年全疆年降水量3036亿m3(折合降水深184.7mm)，与多年平均值相比偏多19.3%，比上年偏多1.2%，属降水偏丰水年份。
2013年全疆地表水资源量900.9亿m3，地下水资源量561.3亿m3，扣除地表水资源与地下水资源重复计算量510.9亿m3，水资源总量951.3亿m3，与多年平均值相比偏多14.2 %，比上年增加5.2 %，属丰水年。
2013年末全疆各类大中型水库蓄水总量54.67亿m3（未包括兵团），比上年末减少蓄水量1.36亿m3。
2013年全疆各类水利工程总供水量588.08亿m3，其中地表水源供水量476.59亿m3，地下水供水量110.38亿m3，中水回用量1.11亿m3。全疆水利工程补给生态环境水量4.05亿m3。
2013年全疆废污水排放总量为10.825亿t。其中城镇居民生活废污水排放量3.859亿t，占废污水排放总量的35.6％；第二产业废污水排放量5.978亿t，占废污水排放总量的55.2％；第三产业废污水排放量0.988亿t，占废污水排放总量的9.1％。
2013年，对区内66条主要河流170个重点河段的146个水功能区进行了监测评价。全年期总评价河长15156km，符合和优于地面水环境质量Ⅲ类标准的河长13922 km，占总评价河长的91.9%，其中Ⅰ、Ⅱ类河长占85.8%；劣于Ⅲ类水河长1234km，占8.1%，其中劣于Ⅴ类水河长683km，占3.1%。
2013年，我区气候异常，洪旱灾害南北疆交替发生。总体来看，洪涝灾害重于干旱灾害。据自治区防汛抗旱总指挥部办公室统计，2013年共有50个县（市、区）33.15万人受灾,因灾死亡4人，倒塌房屋0.598万间；农作物受灾面积41.78万亩，死亡大牲畜1.109万头。洪涝灾害造成直接经济损失8.13亿元，其中水利设施经济损失2.37亿元（未包括兵团数据）。
2013年春夏季，由于主要河道来水偏多，对于常发、易发春旱的南疆，春季受旱面积较历年同期明显偏少。全区作物受旱面积260万亩，成灾面积172万亩，其中绝收1.58万亩。受旱面积主要集中在巴州、阿克苏、喀什、和田地区。据统计，2013年因旱造成1.03万人、10.90万头大牲畜饮水困难，粮食作物损失28.47万吨，因旱直接经济总损失10.76亿元（未包括兵团数据）。